Der wohl älteste und besterhaltenste Raum der Klosterkirche ist die im Untergeschoss des Turms liegende Krypta. Vier freistehende Säulen mit Würfelkapitellen (sämtlich aus Muschelkalk der Hainleite nahe Göllingen) und Halbsäulen an den Wänden tragen ein Kreuzgratgewölbe in neun gleichen Feldern, wobei die Gurtbögen - größtenteils aus Buntsandstein bestehend - hufeisenförmig ausgebildet sind. Dies verleiht dem romanischen Raum ein einzigartiges graziles Maßwerk, das ihn von anderen Krypten dieser Zeit deutlich unterscheidet. Der Gipsestrich-Boden der Krypta war ursprünglich glatt geschliffen und hatte durch zahlreiche eingebettete Halbedelsteine (z. B. Achate) eine marmorartige Oberfläche. Ein Eindruck der hervorragenden Akustik gibt die Klanginstallation von Falk Zenker, die dort seit 2007 zu hören ist.
Der Anlass für die in Deutschland einzigartigen Hufeisenbögen in der Krypta ist unklar. Wahrscheinlich ist, dass der orientalische Einfluss entweder durch Kreuzzüge und Pilgerfahrten ins Heilige Land oder noch wahrscheinlicher über die Routen der verschiedenen Jakobswege vom maurisch beeinflussten Spanien über Frankreich nach Göllingen gekommen ist. Interessant ist auch der immer wieder anders geartete Lichteinfall durch die nur südlich vorhandenen Fenster, mit dem die Säulen und Bögen immer wieder anders zur Geltung kommen. Bei Führungen werden die kleinen Geheimnisse des Kryptaraumes gern gezeigt und erklärt...