Kloster Göllingen wurde auf einem vermutlich schon in germanisch-heidnischer Zeit für kultische Handlungen genutztem Gebiet gegründet. Der Michelsberg, der fast vollkommen von der Wipper umflossen wird, wurde nach dem heiligen Michael, dem Erzengel, der als Kämpfer gegen das Böse die heidnischen Götter besiegen sollte, benannt. Diese Benennung von Bergen mit ehemaligen heidnischen Heiligtümern nach dem heiligen Michael ist in der Zeit der Christianisierung weit verbreitet. Das berümteste Beispiel hierfür ist der Mont-Saint-Michel in der Normandie. Diese Berge wurden damit christlich besetzt und umgedeutet. Das Christentum hat sich in Thüringen im 8. Jahrhundert durchgesetzt, vermittelt von Mönchen aus England. Der bekannteste davon war Bonifatius, ein weiterer, der heilige Wigbert, dem die Göllinger Klosterkirche geweiht wurde. Wenig später, zurzeit Karls des Großen um das Jahr 800 herum gab es am Fuße des Michelsberges schon Besitzungen des großen Reichsklosters Hersfeld. Solch ein Grundbesitz geistlicher Institutionen entstand damals durch Stiftungen von ansässigen Adligen, die im Zuge der Christianisierung den neuen Glauben annahmen und diesen Schritt durch ihre Stiftungen bekräftigen wollten. Damit verbunden war auch der Bau einer ersten Kirche. Aus dieser Kirche und dem Hersfelder Grundbesitz hat sich um das Jahr 1000 herum Kloster Göllingen als Zweigkloster von Kloster Hersfeld entwickelt.
Wie müssen wir uns Kloster Göllingen um das Jahr 1000 vorstellen? Wahrscheinlich gruppierten sich um eine kleine, schlichte steinerne Kirche ein paar Holzhütten, in denen die Mönche lebten. Wie wir durch Ausgrabungen in den zurückliegenden Jahren wissen, wurde die ursprüngliche Kirche in mehreren Schritten umgebaut und erweitert. Entscheidend zur Entwicklung des Klosters beigetragen hat die uns aus einer Urkunde bekannte Stiftung des späteren heiligen Gunther von Thüringen für das Kloster im Jahr 1005. Gunther, aus dem thüringischen Hochadel stammend, möglicherweise ein Vorfahre der späteren Schwarzburger, hat sich damals entschlossen, Mönch zu werden und hat einen Großteil seines Vermögens und seines Grundbesitzes dem Kloster Göllingen vermacht.