Mit dem Brand im Bauernkrieg am 4. Mai 1525 begann der Niedergang des Klosters. Im Zusammenhang mit der Reformation wurde das Kloster 1606 aufgelöst. Nach dem 30-jährigen Krieg fielen Kloster und das zum Kloster gehörende Land wegen der Zugehörigkeit von Kloster Göllingen zur hessischen Abtei Hersfeld an die Landgrafschaft Hessen. In dieser hessischen Exklave wurde die oben bereits erwähnte Domäne aufgebaut. Etwa 200 Jahre später wurde das ehemaliges Kloster Teil des Fürstentums Schwarzburg-Rudolstadt. Bereits während des zweiten Weltkriegs begann man auf dem ehemaligen Klostergelände, Konserven zu produzieren. Daraus hat sich dann zu DDR-Zeiten die bis 1995 bestehende Konservenfabrik entwickelt. Für die Konservenproduktion wurden nach und nach die meisten historischen Gebäude der Domäne abgerissen und durch Industriehallen und Behelfsbauten ersetzt, die noch heute in verfallenem Zustand das Gelände rund um den Klosterturm prägen.
